Choix du (des) formats de fichier:

préférer un format lisible par tous avec un outil gratuit ((x)html ou pdf)
si on met en ligne le texte intégral dans un format "d'impression", avoir un fichier résumé en (x)html.
prendre le temps de générer (écrire) des documents syntaxiquement corrects. (important pour le passage en xml). Utiliser les validateurs de documents.
prévoir tant que faire se peut la conversion vers d'autres formats (structure)
en fait, le choix dépend:

de ce que l'on peut produire (habitudes des chercheurs)
de ce qu'on peut raisonnablement imposer (feuilles de style, logiciels de composition, ?)
de ce qu'on sait convertir
du temps matériel que la conversion/reformatage demandera
de la possibilité d'une automatisation partielle ou complète